Ruiz est né au Chili en 1941, et quitté le pays pendant coup d'Etat fasciste de Pinochet de 1973 et a vécu à Paris depuis.
Son premier long métrage a été Tres Tigres Tristes , en 1968, qui a remporté le Léopard d'or à Locarno.
Son plus récent film, l'éloge de quatre et demi au Portugal-set épique Mystères de Lisbonne, est actuellement dans les cinémas aux Etats-Unis. Il a remporté le prestigieux France Prix Louis Delluc.
Ses films comprennent Temps retrouvé, Klimt, Généalogies d'un crime, Trois vies et une seule mort, l'hypothèse du tableau volé, Richard III, en pièces l'image, le bateau d'or, et de La Colonie pénitentiaire.
Le cinéaste prolifique a travaillé sur plus de 100 films, dont des œuvres théâtrales et des projets de télévision à la fois fiction et documentaire, et employant plusieurs langues et formats (de 35 mm à la vidéo). Il a également écrit et réalisé pour la scène. Il était aussi parfois un professeur d'études cinématographiques à l'Université Harvard et d'autres universités internationales.
Plus tôt cette année il a tiré de La noche de enfrente, un film Chili-jeu inspiré par son enfance. Aussi récemment, il a travaillé sur des projets sur la vie du romancier français Jean Giono et celle basée sur les mémoires des généraux de Napoléon (qui aurait eu pour Melvil Poupaud fréquent collaborateur attachée à l'étoile.)
Il avait subi une greffe du foie après avoir été diagnostiqué avec un cancer du foie quand il faisaitMystères de Lisbonne.
Ruiz est survécu par son épouse Valeria Sarmiento, un réalisateur et monteur.
